هناك أربع مراحل لإجراء الشكاوى:
• المرحلة الأولى:
يتم القيام بفرز أوَّلي من قبل رئيس الفريق العامل المعني بالبلاغات، بالاشتراك مع الأمانة. ويتم إحالة بلاغات الشكاوي التي تلبي معايير المقبولية فقط إلى الدولة المعنية للحصول على آرائها بشأن الادعاءات بالانتهاكات الواردة فيها
• المرحلة الثانية: الفريق العامل المعني بالبلاغات
يجتمع الفريق العامل المعني بالبلاغات مرتين في السنة، ويبتُّ في مقبولية البلاغٍات المقدمة ويُقيم الأسس الموضوعية لادعاءات الانتهاكات بما في ذلك ما إذا كان يتبين من البلاغ وحده أو بالاقتران مع بلاغات أخرى في الكشف عن نمط ثابت من الانتهاكات الجسيمة المؤيدة بأدلة موثوق بها لحقوق الإنسان والحريات الأساسية.
ويجوز للفريق العامل المعني بالبلاغات، خلال دوراته، أن يقرر:
- رفض شكوى ما، ما لم يتم قبولها بموجب القرار 5/1 للمجلس؛
- الإبقاء على الشكوى قيد الاستعراض، و الطلب من الدولة المعنية و/ أو الشاكي توفير مزيد من المعلومات في غضون فترة زمنية معقولة؛
- تقديم ملف للفريق العامل المعني بالحالات يتضمن جميع البلاغات المقبولة علاوة على التوصيات الخاصة بها لمزيد من النظر.
• المرحلة الثالثة: الفريق العامل المعني بالحالات
يجتمع الفريق العامل المعني بالحالات ( يتألف من خمسة ممثلين لدول أعضاء في مجلس حقوق الإنسان يعينوا من قبل كل مجموعة إقليمية للعمل بصفتهم الشخصية ) مرتين في السنة ويُطلب إليه، بأن يقوم، بناءً على المعلومات والتوصيات المقدَّمة من قبل الفريق المعني بالبلاغات، بموافاة المجلس بتقرير عن الأنماط الثابتة للانتهاكات الجسيمة المُؤيَّدة بأدلة موثوق بها لحقوق الإنسان والحريات الأساسية وأن يُقدِّم إلى المجلس توصيات بشأن الإجراء الواجب اتخاذه.
ويمكن للفريق العامل المعني بالحالات، خلال دورته، أن يقرر:
- وقف النظر في الحالة؛
- إبقاء الحالة قيد الاستعراض لمزيد من النظر أو معلومات إضافية؛
- إحالة الحالة إلى مجلس حقوق الإنسان عندما يبدو أن الادعاءات الواردة في البلاغ قد تكشف عن أنماط ثابت من الانتهاكات الجسيمة المؤيدة بأدلة موثوق بها لحقوق الإنسان والحريات الأساسية.
• المرحلة الرابعة : مجلس حقوق الإنسان
يبحث المجلس في تقارير الفريق العامل المعني بالحالات بطريقة سرية ( ما لم يقرَّر خلاف ذلك )، وقد يتخذ أحد القرارت التالية:
- وقف النظر في الحالة إذا لم يكن هناك ما يبرر مواصلة النظر فيها أو اتخاذ إجراء بشأنها؛
- إبقاء الحالة قيد الاستعراض والطلب من الدولة المعنية تقديم مزيد من المعلومات في غضون مهلة زمنية معقولة؛
- إبقاء الحالة قيد الاستعراض وتعيين خبير مستقل و مُؤهل تأهيلاً عالياً لرصد الحالة وتقديم تقرير عن ذلك إلى المجلس؛
- وقف استعراض المسألة بموجب الإجراء السري المتعلق بالشكاوي بغية النظر فيها بصورة علنية؛
- التقدم بتوصية للمفوضية بأن تقدم إلى الدول المعنية تعاونا فنيا، أو مساعدة في مجال بناء القدرات، أو خدمات استشارية.